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“伯”覽群書丨系列七：奧密克戎新毒株XE，這可能是解釋得最全的一篇了！
伯杰原創(chuàng)學(xué)術(shù)解析專題《"伯"覽群書——奧密克戎探尋之旅》新章開啟！本專題旨在傳播、分享奧米克戎的最新研究成果，幫助醫(yī)療衛(wèi)生工作人員快速抓取奧密克戎最新觀點。
伯杰原創(chuàng)學(xué)術(shù)解析專題《"伯"覽群書——奧密克戎探尋之旅》新章開啟！本專題旨在傳播、分享奧米克戎的最新研究成果，幫助醫(yī)療衛(wèi)生工作人員快速抓取奧密克戎最新觀點。
共筑抗疫溫情堡壘，伯杰醫(yī)療一直都在。
WHO的COVID-19 Weekly Epidemiological Update系列中1提到了XD、XE、XF這個概念，但著墨不多，指出：還沒有證據(jù)指示這3個變異體有更強的傳染性，還需進一步加強監(jiān)測，要對某些癥狀保持警惕以避免感染。
2022.03.25，英國衛(wèi)生與安全局(UKHSA)官網(wǎng)的newstory一欄2，指出英國已經(jīng)發(fā)現(xiàn)XE確診病例637例(統(tǒng)計截止自2022.03.22)。同時，相關(guān)研究表明XE的傳播速度非?？?，相對于目前傳播最快的BA.2，還要高9.8%。
2022.04.08，UKHSA官網(wǎng)發(fā)布指出英國已經(jīng)發(fā)現(xiàn)XE確診病例1179例3，其中1125例分布在英格蘭(統(tǒng)計截止自2022.04.05)，已明確XE在英國能夠通過社區(qū)傳播、具有潛在傳播性。且最新的數(shù)據(jù)證實，XE的平均增長速度要比BA.2高出12.6%。而近3周內(nèi)，XE的平均增長速度要比BA.2高出20.9%！
新冠病毒屬于RNA病毒，它的變異非?？?，但是大多數(shù)突變是無意義的，少部分會有負面影響，只有非常少的一些突變，會增強其傳染性、致病性或免疫逃逸能力。那么，什么是新冠變異株？奧密克戎新毒株XE有哪些關(guān)鍵特征？大眾又該如何預(yù)防？
新冠病毒是單股正鏈RNA病毒，基因組大小約為3萬個堿基(具體: 29891個堿基)4；冠狀病毒是目前已知最大RNA病毒。盡管新冠病毒具有復(fù)制校正功能，但是病毒在廣泛的流行和復(fù)制過程中，仍然不斷發(fā)生變異，出現(xiàn)了多種變異毒株。
基于新冠病毒的系統(tǒng)發(fā)關(guān)系，研究人員提出了多種新冠病毒的分類體系，如GISAID clade、PANGO lineage 和 Nextstrain clade等分類體系。2020年末起，WHO用希臘字母來分組全球廣泛流行且具有較大公共衛(wèi)生風(fēng)險的新冠變異株，即Alpha、Beta、Gamma、Delta、Omicron，這對非科學(xué)受眾討論來說會更容易和更實用5。
此外，WHO根據(jù)病毒公共衛(wèi)生風(fēng)險大小，依次將新冠變異毒株分為3個組。第一個是“值得關(guān)注的突變株”(VOC, variant of concern)，包括 Alpha(對應(yīng)的 PANGO lineage為 B.1.1.7)、Beta(B.1.351)、Delta(B.1.617.2)、Gamma(P.1)和 Omicron(B.1.1.529)突變株；第二個是“待觀察的突變株”(VOI, variant of interest；第三個是“監(jiān)控下的變異毒株” (VUM, variant under monitoring)5。
其中，VOC變異株最需要關(guān)注，符合以下條件: (1)變異株傳播能力增加或加重流行病學(xué)特征; (2)致病性增加或改變臨床表征;(3)降低公共衛(wèi)生防控的效果或影響診斷、疫苗和治療方法。
VOI變異株的定義是: ①具有預(yù)測或已知的病毒生物學(xué)特征(如病毒傳播力、致病嚴重程度、免疫逃逸、診斷和治療逃逸等)改變的基因變異；②流行病學(xué)特征的改變: 在多個國家/地區(qū)，經(jīng)確定可導(dǎo)致重大社區(qū)傳播或多例COVID-19聚集性病例, 這些國家的相對患病率隨時間推移而增加, 或其他明顯的流行病學(xué)影響，表明全球公共衛(wèi)生面臨新風(fēng)險。
VUM變異株的定義是: 一種SARS-CoV-2變異，其遺傳變化被懷疑會影響病毒特征，并有跡象表明它可能構(gòu)成未來風(fēng)險，但目前表型或流行病學(xué)影響的證據(jù)尚不清楚，需要加強監(jiān)測和重復(fù)評估，等待新的證據(jù)5。
目前，WHO發(fā)布的VOC包括5種變異株，其中Alpha、Beta、Gamma已歸類為先前流行的需要關(guān)注的變異株，而目前流行的VOC是Delta和Omicron。
自 2021 年 11 月首次報告 Omicron 變體以來6，已有超過 240 萬個序列保存在 GISAID 中。到 2022 年 1 月的第一周，Omicron 占提交序列的 90%；到第五周，Omicron 已在很大程度上取代了所有其他變體，現(xiàn)在占全球提交序列的 99.8% 以上。Omicron 有許多亞型，包括 BA.1、BA.1.1、BA.2 和 BA.3。在過去一段時間里，BA.2 已成為主要變體，GISAID報告了 251 645 個序列（85.96%），其余依次為125 485個BA.1.1序列（8.98%）、54 724個BA.1序列（4.26%）和70個BA.3序列（<0.1%）。
圖1：Omicron各亞型的發(fā)病率(按周計算收集的標本)
*Omicron各亞型全球分布來自GISAID，截止日期2022.3.22 14:00 CET
當前根據(jù)水平掃描可以確認有3個重組變異株，分別是XD, XE, 和XF。屬于按pango體系分類。其中XD和XF都是Omicron BA.1和Delta變體的重組，XE則是Omicron BA.1 和BA.2的重組體。
XE包含了3個獨特突變：NSP3 C3241T(同義)和V1069I(非同義)，以及NSP12 C14599T(同義)。XD包含的獨特突變是NSP2: E172D。XF和XE都和英國的測序樣本相關(guān)，XD則主要發(fā)生在法國。圖2顯示了XD、XE和XF的重組譜系，從圖中不難看出，XE是BA.1/BA.2重組體，大部分基因組包括BA.2的S基因。
圖2：XD、XE和XF的重組譜系
第一層-橙色：SARS-CoV-2基因組的全長
第二層-深橙/黃/橙色：基因組中的基因位置
第四層-綠色：Delta參考基因組顏色
第五層-紫色，BA.1
第六層-紫丁香色，BA.2
XD、XE和XF位于第7層至第9層，并用斷點及其斷點的基因位置進行注釋
根據(jù)UKHSA官網(wǎng)發(fā)布的技術(shù)簡報第39篇3(SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England——Technical briefing 39, 2022.03.25)：
XD重組變異株是Delta AY.4基因組獲取了BA.1的S基因(核苷酸位置21643至25581，圖2)。截止到2022.03.02，XD在英國還沒有被檢測到。GISAID登記了49個XD樣本，這些樣品最早的收集日期是2021年12月13日，最新的收集日期是2022年3月13日。已鑒定出40個樣品來自法國，8個來自丹麥，1個來自比利時。
XE重組體包含BA.1突變(包含NSP1-6)和BA.2突變。截至 2022年3月22日，英國數(shù)據(jù)中有763個XE序列，而英格蘭地區(qū)共有637例XE病例。2022年1月19日發(fā)現(xiàn)了第一例病例，大多數(shù)病例在英格蘭東部、倫敦和東南部。
共有39個英國測序樣本被鑒定和驗證為XF重組變異株，已知最早的英國XF樣本日期是2022年1月7日，而最新樣本是 2022年2月14日，沒有近期增長的證據(jù)。目前從GISAID的數(shù)據(jù)來看，還沒有來自非英國國家的樣本?；诮跓oXF樣本，因而該變異株不太可能導(dǎo)致持續(xù)的社區(qū)傳播。
2周后, 根據(jù)UKHSA官網(wǎng)發(fā)布的技術(shù)簡報第40篇3(SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England——Technical briefing 40, 2022.04.08)：
在GISAID中總共確定了68個XD樣本，其中66個來自法國，荷蘭和比利時各有一名(統(tǒng)計截止2022.04.01)。迄今為止英國還沒有檢測到XD變體。簡單來說，XD是Omicron S基因整合到Delta基因組中，主要存在于法國。雖然XD目前病例數(shù)不多，但是在2022.03.09號被歸類為VUM(圖3)，也就是說世衛(wèi)組織對其變異特征和公共衛(wèi)生風(fēng)險的要進行比較評估、監(jiān)控和跟蹤。
圖3：VUM(監(jiān)視下的變異株)
英國已經(jīng)發(fā)現(xiàn)XE確診病例1179 例，其中1125例分布在英格蘭(統(tǒng)計截止自2022.04.05)，已明確XE在英國能夠通過社區(qū)傳播、具有潛在傳播性。且最新的數(shù)據(jù)證實，XE的平均增長速度要比BA.2高出12.6%。而近3周內(nèi)，XE的平均增長速度要比BA.2高出20.9%！XE傳播速度的增長變化趨勢詳見圖4。
圖4：不同時期XE相對BA.2的傳播速度
在40期的技術(shù)簡報中，指出奧密克戎亞型BA.4 ，按VTG分類為V-22APR-03 ，而BA.4(V-22APR-03)需要重點監(jiān)測XF重組變異株，但并未重點描述XF的流行病學(xué)特征、因而推測XF變異株不太可能導(dǎo)致持續(xù)的社區(qū)傳播。此外，我們也注意到，變異株技術(shù)組 (the Variant Technical Group, VTG)在2022.04.06重新劃分XD重組變異株為V-22APR-01, XE重組變異株為 V-22APR-02。
在2022.03.14，暨南大學(xué)病原微生物研究團隊對全球出現(xiàn)的新冠病毒奧密克戎變異株的全基因組序列及其刺突蛋白(Spike)基因序列進行了精細分析，首次發(fā)現(xiàn)奧密克戎變異株S基因與阿爾法(Alpha)、貝塔(Beta)、德爾塔(Delta)等Variants of Concern(VOC)/Variants of Interest(VOI)之間發(fā)生了多次跨變種重組的可靠證據(jù)。不過根據(jù)目前的信息，我們還難以確定該團隊報道的跨變種重組是否包含XD、XE和XF。
XD于2022.03.09被列為VUM，是否可能會取代BA.2變成主流的傳播毒株呢？從目前的數(shù)據(jù)來看，樣本量過少，還不能下這樣的結(jié)論，仍需要長期的觀察。通過未來2周、甚至2個月的去觀測感染率、是上升還是消亡，從而判讀它是否能夠取代目前流行毒株BA.2。
現(xiàn)有證據(jù)提示XE的傳播速度相對BA.2要高出20.9%，我們?nèi)砸硇詫Υ?，目前WHO并未將XE列為VUM、VOI，說明影響力暫時沒有那么高，當前需要做的是繼續(xù)密切監(jiān)視、處理與 SARS-CoV-2變體有關(guān)的所有數(shù)據(jù)。
XF近期未見流行病例，因而XF形成大面積傳播的可能性相當?shù)汀?/p>
中國疾控中心流行病學(xué)首席專家吳尊友介紹，關(guān)于新冠病毒新變異毒株XE，及其在傳播流行范圍、傳染性、致病性等方面的相關(guān)研究一直在進行。結(jié)合過去兩年多對新冠病毒變異情況的研究和對這一類病毒的認識來看，新冠病毒的變異持續(xù)發(fā)生是常見的事情，在這方面我們有思想準備。
無論病毒怎么變異，常態(tài)化防控措施，包括“四早”（早發(fā)現(xiàn)，早報告，早隔離，早治療）措施、廣泛的疫苗接種以及群眾落實戴口罩、勤通風(fēng)、勤洗手、保持社交距離等個人防護措施，都能有效防止新冠疫情傳播。
密切關(guān)注新的變異毒株，包括診斷試劑能否靈敏地診斷出來，現(xiàn)在的疫苗能否有效地預(yù)防感染、預(yù)防重癥、預(yù)防死亡等等，這些新的認識對于是否更新診斷試劑，是否更新疫苗，都會提供非常重要的科學(xué)依據(jù)。
重組變體并不罕見，特別是當有幾種變體在流通時，并且在迄今為止的大流行過程中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了幾種變體。與其他種類的變體一樣，大多數(shù)會相對較快地消亡。實現(xiàn)對全球人群中流行的新冠變異毒株的主動實時監(jiān)測、及時地對變異毒株的公共衛(wèi)生風(fēng)險進行評估和預(yù)警、進一步優(yōu)化疫苗和藥物的研制、確保診斷試劑的靈敏診斷，堅決執(zhí)行常態(tài)化防控措施，都是應(yīng)對新冠病毒繼續(xù)變異的有效措施。
伯杰醫(yī)療已經(jīng)完成對現(xiàn)有試劑（新型冠狀病毒2019-nCoV核酸檢測試劑盒(熒光PCR法): 國械注準20203400065）引物探針與目前主要流行變異株的序列對比，針對變異株XE內(nèi)等主流變異株不會出現(xiàn)脫靶和漏檢，仍可保證檢測試劑的準確性和靈敏性。
上海伯杰醫(yī)療科技股份有限公司是一家致力于感染性病原體分子診斷試劑研發(fā)和應(yīng)用，深耕于多重熒光PCR診斷試劑和痕量病毒二代測序試劑及相關(guān)服務(wù)的國家高新技術(shù)企業(yè)。公司圍繞感染性病原體這一主線，從診斷試劑、診斷儀器、測序服務(wù)和醫(yī)檢所服務(wù)等多個面提供全套解決方案。公司秉承“勇于創(chuàng)新，質(zhì)量為先”的方針，為醫(yī)療機構(gòu)、疾控公衛(wèi)、高?？蒲械群献骰锇樘峁﹥?yōu)質(zhì)產(chǎn)品與服務(wù)。
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