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【干貨轉(zhuǎn)載】中疾控：全球最新的新型冠狀病毒基因組序列的網(wǎng)絡(luò)平臺(tái)與基因分型匯總
引起2019新型冠狀病毒肺炎的病原體SARS?CoV?2（新型冠狀病毒）仍在世界范圍內(nèi)大規(guī)模流行
以下文章來源于北京微未來
引起2019新型冠狀病毒肺炎的病原體SARS?CoV?2（新型冠狀病毒）仍在世界范圍內(nèi)大規(guī)模流行?！恫《緦W(xué)報(bào)》網(wǎng)絡(luò)首發(fā)論文在線發(fā)表了來自中國疾病預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所許文波研究員的綜述文章，介紹了目前世界范圍內(nèi)共享和分析新型冠狀病毒基因組序列的三種的網(wǎng)絡(luò)平臺(tái)和四種常用基因分型方法，簡(jiǎn)稱為“中國分型法”、 “Pangolin 分型法”、“GISAID 分型法”和“Nextstrain 分型法”，這些成果便于全世界的研究人員選擇合適的分型方法對(duì)序列進(jìn)行基因分型，進(jìn)一步研究其進(jìn)化動(dòng)力、傳播鏈、基因組溯源的地域和流行病學(xué)信息等。
用于共享和分析 SARS?CoV?2 基因組序列的三個(gè)網(wǎng)絡(luò)平臺(tái)
全 球 共 享 流 感 數(shù) 據(jù) 庫（Global Initiative on Sharing All Influenza Data， GISAID）（https：// www.gisaid.org）
GISAID旨在促進(jìn)所有流感病毒序列、與人類病毒有關(guān)的相關(guān)臨床和流行病學(xué)數(shù)據(jù)與禽和其他動(dòng)物病毒有關(guān)的地理以及物種特定數(shù)據(jù)等數(shù)據(jù)的共享。
Nextstrain（https：//nextstrain.org）
Nextstrain 是目前全球最通用的SARS?CoV?2序列信息 可視化平臺(tái)。可直觀地展示SARS?CoV?2的進(jìn)化樹，突變位點(diǎn)及個(gè)數(shù)，操作簡(jiǎn)單易懂，操作界面清晰美觀。
CoV?GLUE（http：//cov?glue.cvr.gla.ac.uk）
CoV?GLUE主要提供兩大功能領(lǐng)域：允許用戶瀏覽SARS?CoV?2 宏基因組允許用戶將他們自己的SARS?CoV?2序列提交到網(wǎng)站以獲取列的變異信息氨基酸替換和編碼區(qū)缺失或插入的數(shù)據(jù)。
Nextstrain 網(wǎng)站全球 SARS?CoV?2 進(jìn)化信息的可視化頁面（https：//nextstrain.org/ncov/global）
SARS?CoV?2 四種常用基因分型方法
01
L與S基因型與進(jìn)一步的家系（lineage）劃分（中國分型法）
根據(jù)不同 SNP 定義將 S 和 L 型別 進(jìn)一步劃分為家系如下圖：此分型法為目前中國最通用的方法，因此在本文中簡(jiǎn)稱為中國分型法。
02
A，B 主 分 支 為 基 礎(chǔ) 的 詳 細(xì) 進(jìn) 化 分 支（lineage）劃分(Pangolin 分型法）
Pangolin，為穿山甲之意，因此也簡(jiǎn)稱為Pangolin分支。學(xué)者還可以根據(jù)劃分分支的依據(jù)自己劃分并提交某一分支。此分型方法也為目前通用的方法之一。如下圖所示。
03
以突變位點(diǎn)實(shí)際字母命名的進(jìn)化簇（cluster）劃分（GISAID分型法）
此分類方法為目前國際較為通用的方法之一，在本文中簡(jiǎn)稱為GISAID分型法。GISAID中95%的SARS?CoV?2數(shù)據(jù)目前可以歸入7個(gè)大小平衡的簇：S 簇、L 簇、V 簇、G 簇、GH 簇、GR 簇、GV 簇如下圖。
04
以病毒出現(xiàn)的年份?字母順序命名的的進(jìn)化簇（clade）劃分（Nextstrain分型法）
按病毒估計(jì)出現(xiàn)的年份順序和字母順 序命名主要的簇，例如主簇 19A、19B、20A。這樣命名可以每年更新，并減少字母的使用帶來命名的混亂。此分型方法也為目前國際較為通用的方法之一，如下圖。
SARS?CoV?2中國分型法與三種國際分型法的大體對(duì)應(yīng)關(guān)系
截至到2020年11月3日，COVID ?19疫情仍舊在世界范圍內(nèi)持續(xù)暴發(fā)，隨著GISAID上SARS?CoV?2基因組序列的不斷增多，學(xué)者們對(duì)其分型仍在不斷細(xì)化和完善。在COVID?19大流行得到有效控制時(shí)，國際上應(yīng)整合完善并使用統(tǒng)一的分子分型方法，便于全球追蹤SARS?CoV?2的各個(gè)型別流行的地理區(qū)域和傳播路線，為有效阻斷傳播提供清晰的基因組分子分型溯源依據(jù)。